达尔文的黑箱
当人看见一个黑箱在运作，常以为这箱中的内涵非常简单，但那只是一厢情愿的幻想。美国生化学家比希（Behe）1996年震撼性的新书《达尔文的黑箱》（Darwin's BlackBox），引发不少注意和争论。比希对达尔文进化论全面质疑，主张从科学上可以提出生物结构是来自智慧的设计。他宣称没有宗教上的假设，只是以科学方法来立论。哲学家Inwagen指出此书“改变一些普遍误解，以为凡质疑达尔文进化论的人必是主张年轻地球论的创造论者。”
其实比希是继承当代很多生物学家与化石专家质疑进化论的探讨，进而对进化论假设作全面的科学检查。他引述了不少权威科学家，如 Mae-WanHo、Saunders、JohnMcDonald、Miklos、Coyne、Endler、Margulis等对进化论的批判。这是一个正常的科学探讨，是对旧典范的怀疑。
比希指出，生命的细节非常复杂，很难恰当地放在达尔文的理论中。达尔文主张，一种渐进的程序可一步一步地造成生物体的大转变，但他并无交代形成复杂结构的仔细程序。
比希一开始就质疑人眼睛的复杂性，如何能一步步地发展出来呢？达尔文和当代的进化论护卫者多根斯（Dawkins），均很简单地认为由单细胞生物，可一步步地改造自己而形成进化；但比希则指出，达尔文主义者在这问题上只是一种黑箱运作，并不交代一些生物体的看似简单的结构，其实其运作有极为复杂程序，更不交代其“一步步的改造”是经过甚么路线。他很仔细地以生化学描述细胞间的微细运作过程，打开其黑箱，挑战进化论的解释能力。
比希指出，当人看见一个黑箱在运作，常以为这黑箱中的内涵是非常简单，但那只是一厢情愿的幻想。十九世纪生物学家Haeckel 认为生命的起源，来自碳与蛋白质的简单结合。但二十世纪以来对遗传基因的研究，发现一切不是达尔文理论设想的那样简单，如加州遗传学家Endler士所言：“虽然现今对突变已有很多了解，但相对于进化来说，仍是一黑箱。”
动物学家多根斯的《盲目之造表者》（TheBlindWatchMaker）一书，以保卫达尔文主义而名噪一时。他在书中曾讨论达尔文主义颇难处理的问题：眼睛是非常复杂的结构，如何能一步步进化出来呢？
他认为这渐进的过程，每一步骤的机率是一半一半。单细胞生物有一感光点，在多细胞生物中，这些感光细胞被放在一小杯型组织之中，能转动而找寻光源，就像一未有透镜的照相机。此后如有一些半透明凸体在此小杯的洞中，就会产生改进，而形成类似眼睛之晶体，而后一步步改进，即可进化成真正的晶体。
多根斯之理论虽被一些科学家评为宗教性（无神的宗教）多于科学性，却广受一般不太懂科学的群众欢迎，成为一家之言。但如今生化学家比希却从眼睛如何形成这问题，作出针对其要害的挑战。
比希指出，从生化学分析眼球的运作，程序非常繁复。当光刺激视网膜的分子时，分子以光速之快捷变形而超出视网膜，影响其相连的蛋白质，此蛋白质变形而影响其它蛋白质，使其相连的小分子（名GDP）下降，以致另一分子名GTP连起这蛋白质，三者合起来又影响另一蛋白质，进而使一种叫 cCMP的分子冲淡了，而后使一条离子的通道闭塞，因而又减少了钠离子，使电荷不平衡，形成一电流刺激眼睛神经，再由之传向大脑，大脑再解释之形成视觉。
比希认为一个对生物现象的合理解释，必须包括对这分子程序的交代。可惜达尔文主义者把这程序放在黑箱中不让人知道，用简化得很的语言及譬喻性的讲法来描述。如今比希打开这黑箱，来挑战其解释能力。
比希批判说，多根斯的解释，从未正式处理视网膜分子与其相连蛋白质间相关的功能，又其所谓小杯型组织，即圆形的一群细胞，是如何形成的？此中需不少复杂蛋白质构作其形状，及更多蛋白质来控制维持其形状。这些形构又如何能从突变形成呢？多根斯对此完全放在黑箱中不谈。至于更复杂的半透明凸体如何形成晶体，多根斯当然又是一笔带过了。比希称多根斯的解释为粗劣的剖析（Grossanatomy）。
比希又回溯有关生命起源问题的历史，他提到著名的米勒实验。1952年，米勒（StanleyMiller）在芝加哥大学假设在远古的地球状态，当时最多的是氢气，其与炭、氮及氧等发生作用，可产生一些原始物质，如果加入一些能量，像雷电一样，会不会合成一些复杂的元素呢？结果几个星期实验后，形成了一些氨基酸。由于氨基酸是蛋白质的元素，因而震动世界，认为找到了生命起源的方式。
可惜经过三十年的实验，并不能从这方式造出一个简单的生命来，连蛋白质也造不出。另一位科学家福斯（SidneyFox）假设一些氨基酸会被海水冲上岸，刚巧这是一高热的地带，使海水被蒸发掉，剩下不同的氨基酸可能结合起来，是否会形成蛋白质呢？他依这理论去做实验，将不同的氨基酸放在水中，在实验室将水蒸发，结果合成的只是一种又臭又黑的东西，它被称为proteinoids，不是蛋白质的复杂结构。
比希批判这类实验的合法性。要做这类实验很简单，只要先分析氨基酸的结构，将其构成物质买回实验室，依原有比例数目混合，放入适量溶剂，将之放在不受外在影响的容器中加热，随时会合成一些结构。但这只是设计好的条件，亿万年前的地球没有这些科学家及仪器，也没有卖各类物质的商店。如今这些科学家是先设计了最有利的条件去实验，这是一种花招，而不是模仿出自然的状态。
正如一个厨师宣称自然的偶然状况可产生一蛋糕，他证明给人看，是在店里买了糖和面粉等，将之合成，然后假设有一自然状态像烤箱，遂将之放入烤箱中，结果真的烤出一个蛋糕来。但这是自然的偶然状况吗？他应该找甘蔗和大麦，将之放在温泉附近，看能否合成一蛋糕，才是正确做法。但他说如此时间太长，故须用以上方法去省减时间，但结果却是设计而非偶合出蛋糕。这种实验确是令人啼笑皆非。
正如德斯（KlausDose）所言，这种实验已做了三十多年，对生命的起源只是增加了问题，而不是多了答案，各种研究的后果若非形成僵局，就只是承认无知。
比希向进化论的假论提出挑战，用了一个甚有趣的例子。他说如果自己的家和邻居的家之间，有一道四尺宽的鸿沟，邻居说可以随时跳过来和他会面，他很容易相信。但如果鸿沟有八尺宽，邻居仍说能跳过来，那就令人惊奇。若有一百尺的鸿沟，邻居仍宣称能跳过来，因为中间每隔十尺，都有一小岗，他可以一岗一岗地踏跳过来。但如今大家都看不到鸿沟之间有这些小岗的存在，邻居却解释说经过千万年的发展，就会在地上凸出一个小岗，那时他会跳到上面，又经千万年，凸出第二个小岗，他又跳上去，而原先那个也在此时陷下去，再看不见，如此，又等无数年，终于可以跳到这边来。而跳到这边后，原先的中介性小岗，又已全部陷回去，无迹可寻了。
比希认为这种理论颇为可疑，但又不能证明其错。而达尔文的进化论，就提出类似这位邻居的理论。其实生物种与种之间的鸿沟很大，如何能由自然的原因产生出进化来呢？他遂从生物化学每一细微部分的描述，来揭开达尔文的黑箱，向大众说明，这些所谓进化是缺乏证据的。
比希结论认为，生物只能是设计的结果，所谓设计，定义为“将各部分依目的来安排”。从各种科学资料自然可看到，无数生物体的组成部分都依目的来安排，有各种共同运作才能产生的复杂功能。按逻辑这是从一种智慧的设计而来，不必由宗教或信仰来确立这结论。这是一个不立理限事的人可发现的。生物体的巧妙计划，不一定要假设自然原因，也可以假设是智慧的原因。
当多种组合物互动而构成一共同的功能时，这就是设计的证据。这种功能越独特，我们确信其是设计的把握就越大。
肯定生物体来自设计，是一理性的论证。至于是否由上帝或外星人来设计，比希则存而不论了。
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