联邦调查局探员Scully接受了一个新任务,去见一个整个调查局“最不受欢迎的人”。她敲门进去看见一个人坐在一张桌子前摆弄几张幻灯片,凌乱的办公室贴着很多张UFO的照片,还有一张印着飞碟的大海报,下面有“我想要相信” (I WANT TO BELIEVE)的字样。这个“最不受欢迎的人”正是Mulder探员。Scully探员在大学主修物理学,后来又进入医学院。Mulder探员对她很不信任,更对Scully探员试图用科学理论解释一切的态度嗤之以鼻。这一集就是他们7年合作的开始。他们接的第一个案子是发生在俄勒冈的高中生死亡事件。Mulder相信这个案子和外星人有关。
第16集- 追命恶魔 YOUNG AT HEART
Mulder探员刚加入联邦调查局时接到的第一个案件是一件珠宝店抢劫案。他成功地将案犯John Barnett抓获归案。在本集故事发生时,John Barnett已经在4年前死于狱中。然而,Mulder探员发现有人想置他于死地,而这个人正是John Barnett。
第1集Little Green Men 09/16/94 绿色小人
X档案的调查被终止后,Scully探员回到调查局学院当讲师,而Mulder探员成为安全保卫人员。一位美国参议员Matheson在X档案问题上却支持Mulder探员。在他支持下,Mulder探员私自前往波多黎各。当地一所被废弃很久的地外生命研究所所属的基地莫名其妙的自我激活。
第17集End Game 02/17/95殖民地球(下)
一个来自外星的职业捕手绑架了Scully探员,用她来交换Mulder探员在幼年时期被绑架的妹妹Samantha。交易失败后,Mulder探员跟踪这个外星人到了它掩埋在北极冰雪下的太空船中,逼问关于Samantha的真相。他惊悉,Samantha原来是个克隆人。